17 yaşındaki suikastçı Codename 13, hayatındaki karmaşık sırları çözmek için yola koyuluyor. Gölge adlı gizli suikast kolektifinin en değerli elemanı olarak tanınan 13, ölümcül sanatında büyük bir ustalık kazanmıştır. Ancak, Japonya’daki bir görevde yaptığı kritik bir hata, akıl hocası Umbra’nın korumasını kaybetmesine neden olur ve sonuç olarak Endonezya’nın Cakarta şehrine sürgün edilir. Cakarta’nın tehlikelerle dolu sokaklarında gizlenirken, 11 yaşındaki Monji ile karşılaşır. Monji, acımasız bir suç çetesi tarafından annesi kaçırılmış bir çocuktur ve bu durum, 13’ün içindeki bastırılmış vicdanı harekete geçirir. Monji ile zaman geçirdikçe, aralarındaki bağ güçlenir; ancak Monji bir gün ansızın kaybolur. 13, onu kurtarmak için harekete geçmek zorundadır. Bu karar, yalnızca suç örgütlerine karşı bir savaş açmakla kalmayıp, aynı zamanda onu yetiştiren Gölge’ye ve akıl hocası Umbra’ya karşı bir başkaldırıdır. 13, kendisini ve Monji’yi korumak için sonuna kadar savaşmaya kararlıdır. Kendi karanlık geçmişiyle yüzleşirken, Monji’yi kurtarmak için her türlü fedakarlığı göze alacak ve Cakarta’nın yeraltı dünyasında zorlu bir mücadele verecektir. Bu, hem içsel bir yolculuk hem de hayatta kalma mücadelesi olacaktır; 13, Monji’nin hayatını kurtarabilmek için kendi kimliğini yeniden şekillendirmek zorunda kalacaktır.