Kobo’nun ihanetine maruz kalarak kendi soyundan büyük kayıplar yaşayan Sezar, ilk filmde insanlığın affetmeye niyetli olmadığını fark eder ve savaşa hazırlık yapmaya başlar. “Maymunlar Cehennemi: Savaş,” serinin üç yıl sonraki bölümünde, Sezar’ın liderliğindeki maymunların zorlu bir savaşla karşı karşıya kaldığı bir evreyi ele alır. Sezar, savaşı istemez ancak barışı seçmeye çalışsa da, insanlık adına savaşan acımasız Albay, maymunları yok etmek için her türlü yöntemi kullanır. Sezar, Albay’a boyun eğmeye niyetli değildir. İki taraf arasındaki çatışma yükseldikçe, Sezar’ın liderlik ettiği maymunlar hem hayatta kalma mücadelesi verirler hem de özgürlükleri için savaşırlar. Albay’ın zalimce taktikleri ile Sezar’ın direnişi arasındaki çatışma, her iki ırkın kaderini belirleyecek bir yüzleşmeye evrilir. Maymunlar ve insanlar arasındaki bu çekişmenin sonunda hangi tarafın kazanacağı, iki ırkın geleceğini şekillendirecektir.