Ella Blake, yetenekli bir stop-motion animatördür. Fakat annesinin vefatıyla sarsılan Ella, karanlığa gömülür. Ruhsal çöküşün eşiğindeyken, Ella bir umut ışığı arar ve tek başına bir kukla filmi çekmeye karar verir. Bu film, Ella’nın annesine duyduğu sevgiyi ve yasını anlatan bir eser olacaktır.
Kuklalar, Ella’nın duygularının ve anılarının somutlaşmış halidir. Onları yaratırken Ella, annesiyle olan ilişkisini yeniden gözden geçirir ve geçmişin yaralarıyla yüzleşir. Film üzerinde çalışırken Ella, annesiyle arasındaki karmaşık bağları anlamaya ve onu affetmeye başlar.
Ancak, filmin tamamlanmasına yakın bir zamanda ürkütücü bir olay meydana gelir. Kuklalar, Ella’nın kontrolünden çıkar ve kendi iradeleriyle hareket etmeye başlar. Ella, yarattığı karakterlerin karanlık ve gizemli bir güce sahip olduğunu fark eder. Kuklalar, Ella’nın zihninin derinliklerine inerek onu korkutmaya ve yönlendirmeye başlar.